バイオインフォマティクスソリューションに関する資料請求やご質問などございましたら、お気軽にお問い合わせください。
大学、各種公的機関、製薬企業など、生命科学研究者の皆様に、バイオインフォマティクスソリューションを提供しています。 システム化の範囲、仕様の策定といった、基本的な計画段階のご相談から承ります。
バイオインフォマティクスソリューションは、研究者の手を煩わせることなく、使い勝手の良いシステムや、質の高いデータ解析を提供することをミッションとしております。
分かりやすい画面デザインは、人とシステムの「インターフェース」を向上させるために大変重要です。
学術情報の公開を目的とするWebサイトにおいても、デザイン性に配慮することにより、
サイトの魅力を格段に高めることができます。
お手元のデータを取り扱うシステムを構築する場合にも、
ストレスのない操作性を実現するためには、
ユーザーインターフェースへの配慮が欠かせません。
弊社では、開発者と専任のデザイナーが連携し、
画面レイアウトや色の使い方に気を配り、
使いやすさと美しさを両立させたWebシステムを開発するソリューションをご提供しています。
弊社実績例： GPCRs インターフェース予測プログラムブラウザGRIP
産業技術総合研究所 様
大量のデータ処理で、お困りではありませんか？
弊社では、各種実験データから、マイクロアレイ(遺伝子発現、SNPタイピング)データ、次世代シーケンサーの配列データに至る様々なデータについて、データベース化や統計計算等のデータ処理を受託しています。バイオインフォマティクスや統計解析の経験者が、データの持つ生物学的、統計学的な意味合いを考慮しながら対応し、研究内容とプロセスを分析・把握して、課題を解決します。
バイオ分野の統計計算や作図でよく用いられるようになってきた、R言語による開発も受託しています。自動化、システム化した解析パイプラインをお納めすることも可能です。
稼働を始めたシステムは、必ず維持、更新というフェーズに入ります。そのため再利用性、メンテナンス性を重視したモノづくりをすることが重要になります。
また、インターネット上に様々な脅威が溢れるこの時代、セキュリティに対する配慮は不可欠です。
長年、公共分野の開発に関わってきた弊社では、このような目に見えない、見えにくい部分も大切にして、お客さまのシステムを構築しています。
【情報基盤・システム構築・システム運用】
| ■ 各種DB構築 ■ インフラ構築 ■ システム運用 |
実験・解析結果データを保存・管理・運用できる各種システム構築、研究環境等のインフラ構築を行います。 各種システムの運用・保守(ハードウェア・ソフトウェア)を行います。 開発要員の派遣も行っています。 |
|---|---|
| ■ 実験情報処理（LIMS） | 実験にかかわる試料、試薬、プロトコール等の管理から、分注機の制御を含んだ実験工程（トラッキング情報）の管理、更に、実験結果の管理までをサポートするシステムの構築を行います。 |
【データ解析・ブラウザ開発】
| ■ 統計解析・データマイニング ■ 比較ゲノム解析 ■ 各種アノテーション ■ 各種解析結果用ブラウザ開発 ■ ショートリードアセンブル |
塩基配列、遺伝子発現、SNPタイピングデータ等の各種解析を行います。また、解析結果を閲覧するためのシステムを開発します。解析要員の派遣も行っています。 |
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開発・解析作業、バイオインフォマティシャン派遣、コンサルティング各種請け負います。
経済産業省様の委託により、バイオ産業情報化コンソーシアム様と産業技術総合研究所様が運営しているプロジェクトに参画、ライフサイエンス分野の研究開発プロジェクト成果物の情報を整理・提供するポータルサイトの構築を行いました。ライフサイエンス統合データベース(文部科学省)と連携するための、横断検索機能も開発しました。
ヒト遺伝子アノテーションデータベースH-Inv DBで公開されている、オルソログ情報データベースEvolaのデータ作成、公開システムの構築を行いました。弊社メンバーが筆頭著者の論文も執筆しました。
GPCRsが多量体化する際のインターフェースの予測結果をブラウザに出力し、3Dで表示されたタンパク質分子上に可視化するシステムを開発しました。
論文や報告書等の研究成果を登録、閲覧するシステムを開発しました。PubMed等の公共データベースをクローリングすることで、関連する情報を自動的に収集することも可能です。
多施設に分散する実験設備の予約を行うシステムを開発しました。各施設で得られた実験結果の情報を収集することにより、実験の実績の管理にも役立つシステムとして位置づけられております。
比較ゲノム解析研究のため、ヒトと他生物種間の進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供するシステムとして開発しました。
エンドユーザである実験系研究者が自分の興味を持ったcDNAに辿り着けるよう、知識が無くともトップ画面から感覚的に辿っていけるインターフェースをご提案しました。
系統樹からの各種進化アノテーションが行え、系統樹自体の再作成やアラインメントの編集が行えるWebシステムを開発しました。
ゲノムにマッピングされたショートリードDNA配列を基に、SNPやセルライン間差異などを可視化するWEBシステムの構築を行いました。
マイクロアレイ解析ワークフローの開発を行いました。
次世代シーケンサーから大量に生成されるショートリードDNA配列の情報を、リファレンス配列にマッピングするパイプラインの構築を行いました。
SNPタイピングアレイによって、ゲノムワイドに収集されたSNPタイピングデータのQC、表現型との相関解析等を行いました。またタイピングデータを利用したCNV解析を行いました。
DNAチップデータで、群間比較、クラスタリング、教師あり学習、遺伝子セット解析等を行いました。
企業内にて、研究マネジメント・バイオインフォマティクス関連システムの運用・保守を行なっています。
弊社メンバーが著者、共著者となっている論文等です。
バイオインフォマティクスソリューションの詳しいご案内やお見積もり、ご意見・ご質問やカタログの請求などございましたら、お気軽にお問い合わせください。
日立公共システムエンジニアリング株式会社
研究開発センタ・バイオＩＴグループ
担当：松村
03-5632-1454
〒135-8633 東京都江東区東陽二丁目4番18号
FAX：03-5632-1246
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